1945년 8월 9일에 미국 찰스 393 사단 비행 중대가 일본의 나가사키에 원자폭탄 팻 맨을 투하해 나가사키 시민 중 약 4만 명에서 7만 명이 그 자리에서 즉사했다. 8월 6일에 히로시마에 원폭이 떨어진 이후 불과 3일 만에 또 다시 발생한 나가사키 원폭투하로 일왕 히로히토는 8월 15일에 연합군에 조건 없는 항복을 하기에 이르렀다. 이로 인해 제2차 세계대전이 종결되고, 일제 치하에 있던 한반도는 해방을 맞이했다.
일본의 나가사키는 외국인들이 오랜 기간에 걸쳐 정착하면서 이를 중심으로 이 지역의 독특한 문화가 형성되었다. 나가사키는 명실상부 일본에서 그리스도교의 중심지라고 부를 수 있는데, 나가사키에는 과거부터 지금까지 유명한 성당과 교회 건물이 많이 남아있다.
나가사키에서 가장 유명한 로만 가톨릭 성당은 우라카미 성당이다. 우라카미 성당은 메이지 유신으로 신앙의 자유를 얻은 신자들이 건립한 성당으로 1914년 완공 당시에는 동양에서 가장 규모가 컸지만 1945년 8월 9일 원폭투하로 외벽만 남긴 채 잿더미가 되었다. 원폭이 투하되는 시점에 우라카미 성당에서는 미사가 집전 중이었고, 성당 안에 있던 두 신부와 신자 수십 명이 즉사했다고 한다. 결과적으로 원폭투하로 우라카미 성당의 신자 12,000명 중에 약 8,500명이 사망했다고 전해지고, 현재의 우라카미 성당은 1959년에 재건되었다.
나가사키에는 우라카미 성당 말고도 여러 그리스도교 유적지가 남아있는데, 일본에서 가장 오래된 목조 성당인 오우라 성당, 26명의 순교자를 기념하는 성 필립 니시자카 교회, 고딕스타일로 건축된 마고메 교회가 유명하다.
지난 2015년 8월 10일에 미국 국립문서관리기록청이 제2차 세계대전 종전 70주년을 맞아 공개한 외교문서에 따르면, 전쟁 당시 미국의 트루먼 대통령은 나가사키 원폭을 승인하고 바로 직후에 일본의 여성과 아이들의 피해에 인간적인 연민을 느꼈다고 고백했다. 또한 트루먼 대통령의 후손들은 트루먼 대통령이 일본 히로시마와 나가사키의 원폭 피해 참상에 큰 충격을 받았고, 이것이 한국전쟁 당시 원폭을 사용하지 않은 계기가 되었다고 언론에 전했다.
